La commune est bordée du nord au sud par le Rhône fleuve relevant du domaine public de l'État. L'État a confié par traité de concession l'exploitation et de gestion du Rhône à la CNR (Compagnie Nationale du Rhône), c'est donc cette dernière qui est chargée d'assurer l'entretien du Rhône et de ces berges. Toutefois sur Grigny, d'une part le SMIRIL assure la gestion des berges du Rhône entre la limite communale nord et l'ancienne gare de Grigny (siège du SMIRIL), d'autre part la commune assure la gestion des berges du Rhône entre le bassin de joute, y compris celui-ci, et la piste de danse dans le cadre du convention d'occupation temporaire avec la CNR et l'État.
La gestion des autres cours d'eau (cours d'eau non domaniaux) incombe aux propriétaires riverains. Toutefois la commune adhère à un syndicat le SMAGGA qui a choisi de mettre en place, sous maîtrise d'ouvrage publique, un plan de gestion et d'entretien du Garon et du Mornantet. Les propriétaire riverain sont donc pour partis dispensé de leur obligation lorsque celles-ci sont prises en charge par les équipes du SMAGGA.
La commune adhère au SMAGGA, Syndicat de mise en valeur, d'aménagement et de gestion du bassin versant du Garon. Lle SMAGGA regroupe 27 communes situées sur le bassin versant du Garon. Il pilote le Contrat de rivière du Garon dont l'un des objectifs stratégiques principal est de tendre vers une bonne qualité des eaux superficielles et souterraines. Le SMAGGA pilote également un programme de régulation des débits des cours d’eau et de maîtrise des ruissellements en vue de la réduction du risque d’inondation. C'est dans ce cadre que depuis 2010 le SMAGGA réalise progressivement des travaux d'aménagement sur Grigny.
La commune est couverte par deux PPRI (Plans de prévention des Risques d'Inondations) approuvés par arrêté préfectoral : les PPRI du Rhône et du Garon. Ces deux PPRI s'imposent à tous dans les aménagements qui sont réalisés dans les zones arrêtées par le Préfet. Les PPRI peuvent être consultés auprès du service urbanisme en Mairie de Grigny, et sur internet (les plans de zonage des PPRI et le règlement du PPRI du Garon sont disponibles dans la rubrique document communaux du PLU de Grigny accessible sur http://plu.grandlyon.com). Des renseignements sur les modalités d'application de ces PPRI peuvent être obtenus auprès du service urbanisme.
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